学术委员会是中心的决策性机构及学术指导机构。中心办公会议成员由主任、副主任、秘书组成，负责研究中心日常运行及管理。

中心设有乡村振兴及城乡融合发展研究所、农产品营销与贸易研究所、农村社会治理与信息传播研究所、乡村规划与文化传承研究所4个研究所。

乡村振兴及城乡融合发展研究所所长：沈永军 副教授

农产品营销与贸易研究所所长：焦雨生 教授

农村社会治理与信息传播研究所所长：陈永蓉 教授

乡村规划与文化传承研究所所长：肖巍 教授